作者：Boris Novakovic¹ ; ⁷ ; Ehsan Habibi¹ ; ⁷ ; Shuang-Yin Wang¹ ; ⁷ ; Rob J.W. Arts² ; Robab Davar¹ ; Wout Megchelenbrink¹ ; Bowon Kim¹ ; Tatyana Kuznetsova¹ ; Matthijs Kox³ ; Jelle Zwaag³ ; Filomena Matarese¹ ; Simon J. van Heeringen⁴ ; Eva M. Janssen-Megens¹ ; Nilofar Sharifi¹ ; Cheng Wang¹ ; Farid Keramati¹ ; Vivien Schoonenberg¹ ; Paul Flicek⁵ ; Laura Clarke⁵ ; Peter Pickkers³ ; Simon Heath⁶ ; Ivo Gut⁶ ; Mihai G. Netea² ; Joost H.A. Martens¹ ; Colin Logie¹ ; Hendrik G. Stunnenberg¹ ; ⁸ ; ^{h.stunnenberg@ncmls.ru.nl" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：epigenome ; transcriptome ; trained innate immunity ; endotoxin tolerance ; histone modifications ; human monocytes ; macrophages ; β-glucan ; lipopolysaccharide ; BLUEPRINT

刊名：Cell

出版年：2016

作者：Biola M. Javierre¹ ; ¹¹ ; Oliver S. Burren² ; ¹¹ ; Steven P. Wilder³ ; ¹¹ ; Roman Kreuzhuber³ ; ⁴ ; ⁵ ; ¹¹ ; Steven M. Hill⁶ ; ¹¹ ; Sven Sewitz¹ ; Jonathan Cairns¹ ; Steven W. Wingett¹ ; Csilla Vá ; rnai¹ ; Michiel J. Thiecke¹ ; Frances Burden⁴ ; ⁵ ; Samantha Farrow⁴ ; ⁵ ; Antony J. Cutler² ; Karola Rehnströ ; m⁴ ; ⁵ ; Kate Downes⁴ ; ⁵ ; Luigi Grassi⁴ ; ⁵ ; Myrto Kostadima³ ; ⁴ ; ⁵ ; Paula Freire-Pritchett¹ ; Fan Wang⁶ ; The BLUEPRINT Consortium Joost H. Martens ; Bowon Kim ; Nilofar Sharifi ; Eva M. Janssen-Megens ; Marie-Laure Yaspo ; Matthias Linser ; Alexander Kovacsovics ; Laura Clarke ; David Richardson ; Avik Datta ; Paul Flicek

关键词：gene regulation ; chromosome conformation ; promoter capture Hi-C ; non-coding genetic variation ; disease gene prioritization

刊名：Cell

出版年：2016

作者：Ana C. Queiró ; s¹ ; ¹⁹ ; René ; e Beekman² ; ¹⁹ ; Roser Vilarrasa-Blasi¹ ; ¹⁹ ; Martí ; Duran-Ferrer¹ ; Guillem Clot² ; Angelika Merkel³ ; Emanuele Raineri³ ; Nuria Russiñ ; ol¹ ; ² ; Giancarlo Castellano² ; Sí ; lvia Beà ; ² ; Alba Navarro² ; Marta Kulis¹ ; Nú ; ria Verdaguer-Dot¹ ; ² ; Pedro Jares¹ ; ⁴ ; Anna Enjuanes⁴ ; Marí ; a José ; Calasanz⁵ ; Anke Bergmann⁶ ; ⁷ ; Inga Vater⁶ ; Itziar Salaverrí ; a² ; Harmen J.G. van de Werken⁸ ; ⁹ ; ¹⁰ ; Wyndham H. Wilson¹¹ ; Avik Datta¹² ; Paul Flicek¹² ; Romina Royo¹³ ; Joost Martens¹⁴ ; Eva Giné ; ¹⁵ ; Armando Lopez-Guillermo¹⁵ ; Hendrik G. Stunnenberg¹⁴ ; Wolfram Klapper¹⁶ ; Christiane Pott¹⁷ ; Simon Heath³ ; Ivo G. Gut³ ; Reiner Siebert⁶ ; Elí ; as Campo¹ ; ² ; ¹⁸ ; José ; I. Martí ; n-Subero¹ ; ² ; ²⁰ ; ^{imartins@clinic.ub.es" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：epigenomics ; DNA methylation ; lymphoma ; mantle cell lymphoma ; DNA looping ; SOX11 ; enhancer ; ChIP-seq ; chromatin ; whole-genome bisulfite sequencing

刊名：Cancer Cell

出版年：2016

作者：Ronald P. Schuyler¹ ; ² ; Angelika Merkel¹ ; ² ; Emanuele Raineri¹ ; ² ; Lucia Altucci³ ; Edo Vellenga⁴ ; Joost H.A. Martens⁵ ; Farzin Pourfarzad⁶ ; Taco W. Kuijpers⁶ ; ⁷ ; Frances Burden⁸ ; ⁹ ; Samantha Farrow⁸ ; ⁹ ; Kate Downes⁸ ; ⁹ ; Willem H. Ouwehand⁸ ; ⁹ ; ¹⁰ ; ¹¹ ; Laura Clarke¹² ; Avik Datta¹² ; Ernesto Lowy¹² ; Paul Flicek¹² ; Mattia Frontini⁸ ; ⁹ ; ¹⁰ ; Hendrik G. Stunnenberg⁵ ; José ; I. Martí ; n-Subero¹³ ; Ivo Gut¹ ; ² ; Simon Heath¹ ; ² ; ¹⁴ ; ^{simon.heath@gmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：DNA methylation ; epigenetics ; whole-genome bisulfite sequencing ; hematopoiesis ; CTCF ; nucleosomes ; BLUEPRINT

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Amit Mandoli¹ ; ⁷ ; Abhishek A. Singh¹ ; ⁷ ; Koen H.M. Prange¹ ; Esther Tijchon¹ ; Marjolein Oerlemans¹ ; Rene Dirks¹ ; Menno Ter Huurne¹ ; Albertus T.J. Wierenga² ; ³ ; Eva M. Janssen-Megens¹ ; Kim Berentsen¹ ; Nilofar Sharifi¹ ; Bowon Kim¹ ; Filomena Matarese¹ ; Luan N. Nguyen¹ ; Nina C. Hubner¹ ; Nagesha A. Rao¹ ; Emile van den Akker⁴ ; Lucia Altucci⁵ ; ⁶ ; Edo Vellenga² ; Hendrik G. Stunnenberg¹ ; Joost H.A. Martens¹ ; ⁵ ; ⁸ ; ^{j.martens@ncmls.ru.nl" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：AML1-ETO ; acute myeloid leukemia ; epigenome ; RUNX1 ; iPSC ; apoptosis

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Charles E. Breeze¹ ; ²¹ ; ^{c.breeze@ucl.ac.uk" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Dirk S. Paul¹ ; Jenny van Dongen² ; Lee M. Butcher¹ ; ³ ; John C. Ambrose¹ ; James E. Barrett¹ ; Robert Lowe⁴ ; Vardhman K. Rakyan⁴ ; Valentina Iotchkova⁵ ; ⁶ ; Mattia Frontini⁷ ; ⁸ ; ⁹ ; Kate Downes⁷ ; ⁸ ; Willem H. Ouwehand⁶ ; ⁷ ; ⁸ ; ⁹ ; Jonathan Laperle¹⁰ ; Pierre-É ; tienne Jacques¹⁰ ; ¹¹ ; ¹² ; Guillaume Bourque¹³ ; ¹⁴ ; Anke K. Bergmann¹⁵ ; ¹⁶ ; Reiner Siebert¹⁵ ; ¹⁷ ; Edo Vellenga¹⁸ ; Sadia Saeed¹⁹ ; ²⁰ ; Filomena Matarese²⁰ ; Joost H.A. Martens²⁰ ; Hendrik G. Stunnenberg²⁰ ; Andrew E. Teschendorff¹ ; Javier Herrero¹ ; Ewan Birney⁵ ; Ian Dunham⁵ ; Stephan Beck¹ ; ^{s.beck@ucl.ac.uk" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：bioinformatics ; epigenetics ; epigenome-wide association study ; histone marks ; DNase I hypersensitive sites

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：William J. Astle¹ ; ² ; ³ ; ⁴ ; ³¹ ; Heather Elding⁵ ; ⁶ ; ³¹ ; Tao Jiang⁴ ; ³¹ ; Dave Allen⁷ ; Dace Ruklisa¹ ; ² ; ³ ; Alice L. Mann⁵ ; Daniel Mead⁵ ; Heleen Bouman⁵ ; Fernando Riveros-Mckay⁵ ; Myrto A. Kostadima¹ ; ² ; ⁸ ; John J. Lambourne¹ ; ² ; Suthesh Sivapalaratnam¹ ; ⁹ ; Kate Downes¹ ; ² ; Kousik Kundu¹ ; ⁵ ; Lorenzo Bomba⁵ ; Kim Berentsen¹⁰ ; John R. Bradley¹¹ ; ¹² ; Louise C. Daugherty¹ ; ² ; ¹³ ; Olivier Delaneau¹⁴ ; Kathleen Freson¹⁵ ; Stephen F. Garner¹ ; ² ; Luigi Grassi¹ ; ² ; Jose Guerrero¹ ; ² ; Matthias Haimel¹¹ ; ¹³ ; Eva M. Janssen-Megens¹⁰ ; Anita Kaan¹⁰ ; Mihir Kamat⁴ ; Bowon Kim¹⁰ ; Amit Mandoli¹⁰ ; Jonathan Marchini¹⁶ ; ¹⁷ ; Joost H.A. Martens¹⁰ ; Stuart Meacham¹ ; ² ; ¹³ ; Karyn Megy¹ ; ² ; ¹³ ; Jared O&rsquo ; Connell¹⁶ ; ¹⁷ ; Romina Petersen¹ ; ² ; Nilofar Sharifi¹⁰ ; Simon M. Sheard¹⁸ ; James R. Staley⁴ ; Salih Tuna¹ ; ¹³ ; Martijn van der Ent¹⁰ ; Klaudia Walter⁵ ; Shuang-Yin Wang¹⁰ ; Eleanor Wheeler⁵ ; Steven P. Wilder⁸ ; Valentina Iotchkova⁵ ; ⁸ ; Carmel Moore⁴ ; Jennifer Sambrook¹ ; ² ; ⁴ ; Hendrik G. Stunnenberg¹⁰ ; Emanuele Di Angelantonio⁴ ; ⁶ ; ¹⁹ ; Stephen Kaptoge⁴ ; ⁶

关键词：blood ; genetics ; hematology ; epigenetics ; hematopoiesis ; Mendelian randomization ; complex disease ; autoimmune diseases ; cardiovascular diseases

刊名：Cell

出版年：2016

作者：Vincent van den Boom¹ ; ⁷ ; Henny Maat¹ ; ⁷ ; Marjan Geugien¹ ; ² ; Aida Rodrí ; guez Ló ; pez¹ ; Ana M. Sotoca³ ; Jennifer Jaques¹ ; Annet Z. Brouwers-Vos¹ ; Fabrizia Fusetti⁴ ; Richard W.J. Groen⁵ ; Huipin Yuan⁶ ; Anton C.M. Martens⁵ ; Hendrik G. Stunnenberg³ ; Edo Vellenga¹ ; Joost H.A. Martens³ ; Jan Jacob Schuringa¹ ; ^{j.j.schuringa@umcg.nl" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Hendrik G. Stunnenberg¹ ; ^{h.stunnenberg@ncmls.ru.nl" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; The International Human Epigenome Consortium⁴ ; Sergio Abrignani ; David Adams ; Melanie de Almeida ; Lucia Altucci ; Viren Amin ; Ido Amit ; Stylianos E. Antonarakis ; Samuel Aparicio ; Takahiro Arima ; Laura Arrigoni ; Rob Arts ; Vahid Asnafi ; Manel Esteller Badosa ; Jae-Bum Bae ; Kevin Bassler ; Stephan Beck ; Benjamin Berkman ; Bradley E. Bernstein ; Mikhail Bilenky ; Adrian Bird ; Christoph Bock ; Bernhard Boehm ; Guillaume Bourque ; Charles E. Breeze ; Benedikt Brors ; David Bujold ; Oliver Burren ; Marion J. Bussemakers ; Adam Butterworth ; Elias Campo ; Enrique Carrillo-de-Santa-Pau ; Lisa Chadwick ; Kui Ming Chan ; Wei Chen ; Tom H. Cheung ; Luca Chiapperino ; Nak Hyen Choi ; Ho-Ryun Chung ; Laura Clarke ; Joseph M. Connors ; Philippe Cronet ; John Danesh ; Manolis Dermitzakis ; Gerard Drewes ; Pawel Durek ; Stephanie Dyke ; Tomasz Dylag ; Connie J. Eaves ; Peter Ebert ; Roland Eils ; Jü ; rgen Eils ; Catherine A. Ennis ; Tariq Enver ; Elise A. Feingold ; Bä ; rbel Felder ; Anne Ferguson-Smith ; Jude Fitzgibbon ; Paul Flicek ; Roger S.-Y. Foo ; Peter Fraser ; Mattia Frontini ; Eileen Furlong ; Sitanshu Gakkhar ; Nina Gasparoni ; Gilles Gasparoni ; Daniel H. Geschwind ; Petar Glažar ; Thomas Graf ; Frank Grosveld ; Xin-Yuan Guan ; Roderic Guigo ; Ivo G. Gut ; Alf Hamann ; Bok-Ghee Han ; R. Alan Harris ; Simon Heath ; Kristian Helin ; Jan G. Hengstler ; Alireza Heravi-Moussavi ; Karl Herrup ; Steven Hill ; Jason A. Hilton ; Benjamin C. Hitz ; Bernhard Horsthemke ; Ming Hu ; Joo-Yeon Hwang ; Nancy Y. Ip ; Takashi Ito ; Biola-Maria Javierre ; Sasa Jenko ; Thomas Jenuwein ; Yann Joly ; Steven J.M. Jones ; Yae Kanai ; Hee Gyung Kang ; Aly Karsan ; Alexandra K. Kiemer ; Song Cheol Kim ; Bong-Jo Kim ; Hyeon-Hoe Kim ; Hiroshi Kimura ; Sarah Kinkley ; Filippos Klironomos ; In-Uk Koh ; Myrto Kostadima ; Christopher Kressler ; Roman Kreuzhuber ; Anshul Kundaje ; Ralf Kü ; ppers ; Carolyn Larabell ; Paul Lasko ; Mark Lathrop ; Daniel H.S. Lee ; Suman Lee ; Hans Lehrach ; Elsa Leitão ; Thomas Lengauer ; Å ; ke Lernmark ; R. David Leslie ; Gilberto K.K. Leung ; Danny Leung ; Markus Loeffler ; Yussanne Ma ; Antonello Mai ; Thomas Manke ; Eric R. Marcotte ; Marco A. Marra ; Joost H.A. Martens ; Jose Ignacio Martin-Subero ; Karen Maschke ; Christoph Merten ; Aleksandar Milosavljevic ; Saverio Minucci ; Totai Mitsuyama ; Richard A. Moore ; Fabian Mü ; ller ; Andrew J. Mungall ; Mihai G. Netea ; Karl Nordström ; Irene Norstedt ; Hiroaki Okae ; Vitor Onuchic ; Francis Ouellette ; Willem Ouwehand ; Massimiliano Pagani ; Vera Pancaldi ; Thomas Pap ; Tomi Pastinen ; Ronak Patel ; Dirk S. Paul ; Michael J. Pazin ; Pier Giuseppe Pelicci ; Anthony G. Phillips ; Julia Polansky ; Bo Porse ; J. Andrew Pospisilik ; Shyam Prabhakar ; Dena C. Procaccini ; Andreas Radbruch ; Nikolaus Rajewsky ; Vardham Rakyan ; Wolf Reik ; Bing Ren ; David Richardson ; Andreas Richter ; Daniel Rico ; David J. Roberts ; Philip Rosenstiel ; Mark Rothstein ; Abdulrahman Salhab ; Hiroyuki Sasaki ; John S. Satterlee ; Sascha Sauer ; Claudia Schacht ; Florian Schmidt ; Gerd Schmitz ; Stefan Schreiber ; Christopher Schrö ; der ; Dirk Schü ; beler ; Joachim L. Schultze ; Ronald P. Schulyer ; Marcel Schulz ; Martin Seifert ; Katsuhiko Shirahige ; Reiner Siebert ; Thomas Sierocinski ; Laura Siminoff ; Anupam Sinha ; Nicole Soranzo ; Salvatore Spicuglia ; Mikhail Spivakov ; Christian Steidl ; J. Seth Strattan ; Michael Stratton ; Peter Sü ; dbeck ; Hao Sun ; Narumi Suzuki ; Yutaka Suzuki ; Amos Tanay ; David Torrents ; Frederick L. Tyson ; Thomas Ulas ; Sebastian Ullrich ; Toshikazu Ushijima ; Alfonso Valencia ; Edo Vellenga ; Martin Vingron ; Chris Wallace ; Stefan Wallner ; Jö ; rn Walter ; Huating Wang ; Stephanie Weber ; Nina Weiler ; Andreas Weller ; Andrew Weng ; Steven Wilder ; Sam M. Wiseman ; Angela R. Wu ; Zhenguo Wu ; Jieyi Xiong ; Yasuhiro Yamashita ; Xinyi Yang ; Desmond Y. Yap ; Kevin Y. Yip ; Stephen Yip ; Jae-Il Yoo ; Daniel Zerbino ; Gideon Zipprich

刊名：Cell

出版年：2016

作者：Naidu M. Vegi¹ ; Josef Klappacher¹ ; Franz Oswald² ; Medhanie A. Mulaw¹ ; Amit Mandoli³ ; Verena N. Thiel² ; Shiva Bamezai¹ ; Kristin Feder¹ ; Joost H.A. Martens³ ; Vijay P.S. Rawat¹ ; Tamoghna Mandal¹ ; Leticia Quintanilla-Martinez⁴ ; Karsten Spiekermann⁵ ; Wolfgang Hiddemann⁵ ; Konstanze Dö ; hner⁶ ; Hartmut Dö ; hner⁶ ; Hendrik G. Stunnenberg³ ; Michaela Feuring-Buske⁶ ; Christian Buske¹ ; ⁷ ; ^{christian.buske@uni-ulm.de" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell Reports

出版年：2016