基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性(ANI)分析

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• 作者：刘波胡桂萍唐唯其
• 会议时间：2013-11-22
• 关键词：芽孢杆菌 ; 平均核苷酸同源性 ; 全基因组 ; 数据分析
• 作者单位：福建省农业科学院农业生物资源研究所,福建省 福州市,350003
• 母体文献：第五届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运作服务研讨会论文集
• 会议名称：第五届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运作服务研讨会
• 会议地点：广州
• 主办单位：中国微生物学会
• 语种：chi
• 分类号：R37;S5

摘要

采用Jspecies软件分析芽孢杆菌全基因组之间平均核苷酸同源性(ANI)的特征性.结果表明,芽孢杆菌属间,种间及亚种间两两菌株间ANI与其分类地位相关,具有明显属种特异性,其中芽孢杆菌科不同属之间的ANI值分布于50%-65%;芽孢杆菌种间ANI值均低于95%,分布范围为65%到90%,加权平均数为70.12%,其中90%的ANI值低于70%;芽孢杆菌亚种间ANI值分布主要范围为90%到96%,占90%.这样,芽胞杆菌属间的ANI鉴定标准建议定为50-65%,芽胞杆菌种间的ANI鉴定标准建议定为65-90%,芽胞杆菌亚种间的ANI鉴定标准建议定为90-96%.同时,基因组中的四核苷酸(Tetra)回归系数与ANI值具有相关性,表现明显属种特征性,回归拟合显示两者呈现一元二次方程关系,y=271-573.56x+399.65x2(R2=0.9812),同时高于70的ANI值与相应的Tetra回归系数呈线性正相关,方程式为y=178.58x-81.521 (R2=0.8767).试图通过芽胞杆菌全基因组的测序,建立以ANI为基础的芽胞杆菌种类鉴定系统.