坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性

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• 出版年：2009
• 作者：杨惠；茅云翔；孔凡娜；王莉；严兴洪
• 单位1：中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室
• 出生年：1982
• 学历：博士生
• 语种：中文
• 作者关键词：坛紫菜；微卫星序列；EST-SSR；多样性分析
• 起始页：265
• 总页数：6
• 经费资助：国家自然科学基金项目(30700621)；国家高技术研究发展规划项目（2006AA10A402，2006AA10A413）；教育部新世纪人才计划(NCET-06-0596)；教育部科学研究重点项目(107070)；国家自然科技资源共享平台(2004DKA30470-016)资助
• 刊名：中国海洋大学学报
• 是否内版：否
• 刊频：双月刊
• 创刊时间：1959
• 主管单位：中华人民共和国教育部
• 主办单位：中国海洋大学
• 主编：管华诗
• 地址：青岛市鱼山路5号
• 邮编：266003
• 卷：39
• 期：2
• 期刊索取号：P226.066110-1
• 数据库收录：本刊是下列国际检索系统收录源期刊：CA美国《化学文摘》；AJ 俄罗斯《文摘杂志》；ZR英国《动物学记录》；MR美国《数学评论》；ZBI德国《数学文摘》；CSA美国“剑桥科学文摘社网站”之；水科学与渔业文摘C；海洋文摘，污染文摘C；环境科学与污染管理C；机械工程文摘S；机械与运输工程文摘S；土木工程文摘S
• 核心期刊：中国科学技术信息研究所核心期刊；中国科学院文献情报中心核心期刊；北京大学图书馆核心期刊

摘要

微卫星标记作为1种重要的分子标记，在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用。EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一，本研究对坛紫菜EST数据库中6035条序列进行搜索，发现340条EST包含SSR序列，其中三碱基重复最多，占总数45.95%；其次是两碱基重，占总数的45.38%；再次是六碱基和五碱基，分别占总数的5.78%和2.02%；四碱基最少，仅占总数的0.87%。在两碱基中AG，GA，TC，CT类型数量最多，占所有两碱基SSR的82.8%；在三碱基中CCG，CGC，GCC，GGC，GCG，CGG类型数量最多，占所有三碱基SSR的52.83%；其它重复次数中，各种类型所占比例相差不大。进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列，发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异。根据EST-SSR序列设计合成了10对引物，其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性，说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析。