面向CADD的基础库MORT的设计和开发

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• 英文论文题名：Design and Development of Foundational Library(MORT) for CADD
• 论文作者：侯廷军
• 英文论文作者：Tingjun Hou ; College of Pharmaceutical Sciences ; Zhejiang University
• 年：2016
• 作者机构：浙江大学药学院;
• 论文关键词：基础库 ; C++ ; MORT ; 面向对象 ; 键型 ; 分子建模
• 会议召开时间：2016-07-01
• 会议录名称：中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十五分会：化学信息学与化学计量学
• 语种：中文
• 分类号：TP311.52;O641
• 学会代码：ZGHY
• 会议名称：中国化学会第30届学术年会-第二十五分会 ; 化学信息学与化学计量学
• 会议地点：中国辽宁大连
• 主办单位：中国化学会
• 学会名称：中国化学会
• 页数：1
• 文件大小：296k
• 原文格式：D
• 会议级别：全国

摘要

分子模拟软件包AMBER由若干功能不同的部分构成,其中XLEAP主要用来对分子结构进行操作以及为后续的分子模拟生成所需的坐标文件和参数文件。然而,XLEAP虽然采用了面向对象的设计思想,但却采用了不支持面向对象编程的C语言,导致了其源代码很难被理解及拓展。因此,使用合理的设计方法开发一个新的类似于XLEAP的程序库将会为后序的程序开发提供很好的基础。我们设计和开发了面向CADD的C++基础库MORT(Molecular Object and Relevant Templates)。通过MORT中的数据结构和算法,开发了大量的用于分子结构处理和能量计算的函数。MORT采用了C++进行编写,使用了关系模型而不是层次模型来存储分子信息,从而使得该程序库更加易于被理解和拓展。
In AMBER,XLEAP can be used to manipulate the structure of a molecule and generate the topology and parameter files for molecular simulations.XLEAP is written in C,but it tried to use the object-oriented programming paradigm that is not natively supported by C.It is expected that a program package with similar functions to XLEAP can be developed based on new programming diagram and used as the foundation for the development of new software packages and tools employed in CADD and computational biology.Therefore,we designed and developed a new foundational library,MORT,which can be used in CADD and computational biology.MORT is written in C++,and employs the relational model instead of the hierarchical model to store data,which makes MORT easier to be understood and extended.

引文

[1]Zhang,Q.;Zhang,W.;Li,Y.Y.;Wang,J.M.;Zhang,J.;Hou,T.J.,Journal of Cheminformatics 2014,6,36.
    [2]Zhang,Q.;Zhang,W.;Li,Y.Y.;Wang,J.M.;Zhang,L.;Hou,T.J,Journal of Cheminformatics 2012,4,1.
    [3]Zhang,Q.;Wang,J.M.;...;Hou,T.J.,Journal of chemical information and modeling 2013,53,2057.