Le « Cakutome », un outil de séquençage haut-débit ciblé pour le diagnostic moléculaire et l’identification de nouveaux gènes impliqués dans les anomalies du développement des reins et des voies urinaires

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• 作者：C. Jeanpierre¹ ; C. Humbert² ; V. Moriniè ; re³ ; C. Bole-Feysot³ ; P. Nitschké ; ⁴ ; C. Fourrage⁴ ; R. Salomon⁵ ; C. Antignac¹ ; L. Heidet⁵ ; ^{laurence.heidet@aphp.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}
• 刊名：Archives de Pediatrie
• 出版年：2016
• 出版时间：June 2016
• 年：2016
• 卷：23
• 期：6
• 页码：634-635
• 全文大小：259 K

文摘

Les anomalies congénitales des reins et des voies urinaires (CAKUT) sont une cause majeure d’insuffisance rénale de l’enfant. Les CAKUT sont des pathologies génétiquement et phénotypiquement hétérogènes. Des mutations de plus de 50 gènes ont été rapportées dans des formes isolées ou syndromiques. Il s’agit le plus souvent de mutations hétérozygotes et les gènes les plus fréquemment impliqués codent les facteurs de transcription HNF1B, PAX2 et EYA1/SIX1. Ces gènes, testés en routine dans le cadre du diagnostic, permettent d’expliquer 15–20 % des cas. La plupart des autres gènes ne concernent qu’une minorité de patients et leur implication n’est pas toujours réellement établie. Afin d’améliorer l’efficacité du diagnostic génétique en testant l’ensemble des gènes connus, et d’identifier de nouveaux gènes responsables, nous avons développé une stratégie de séquençage haut débit (« Cakutome », technologie Agilent SureSelect) ciblant 388 gènes : gènes de CAKUT établis ou probables, gènes invalidés dans des modèles murins d’anomalies de développement rénal, gènes impliqués dans des processus cellulaires/signalisations importants pour le développement rénal, et gènes candidats identifiés par séquençage d’éxome de cas familiaux de CAKUT. Cent soixante-neuf échantillons ont été analysés, 63 préalablement testés pour HNF1B, PAX2, EYA1 et/ou SIX1 et sans mutation identifiée, et 106 nouveaux cas. Nous avons identifié des mutations/délétions dans HNF1B, PAX2, EYA1 ou SIX1 chez 21 des 106 patients. Ce taux est globalement similaire à celui obtenu par séquençage Sanger. Cependant, l’approche Cakutome a permis d’identifier deux délétions dans PAX2 qui n’auraient pas été trouvées par analyse Sanger. L’identification de mutations dans les gènes KAL1 (syndrome de Kallmann), GATA3 (syndrome HDR : hypoparathyroidie, surdité, rein) ou SALL1 (syndrome de Townes-Brocks) chez des 4 fœtus/patient avec CAKUT isolé, ainsi que d’une mutation d’EYA1 chez un patient chez lequel seuls HNF1B et PAX2 avaient été testés, nous ont permis de faire le diagnostic chez ces patients. Cette étude a également mis en évidence des variations potentiellement pathogènes (non-sens, délétions intragéniques, faux-sens prédits délétères) dans plusieurs gènes, dont certains non encore rapportés chez les patients CAKUT. Dans 4 familles, l’association de variations hétérozygotes dans deux gènes suggère un possible mécanisme épistatique. Enfin, l’étude de 38 fœtus avec agénésie rénale bilatérale (ARB) n’a pas permis d’identifier de nouvelles mutations d’ITGA8 et FGF20, deux gènes identifiés par notre équipe dans des ARB récessives. Cette étude souligne la complexité de la génétique des CAKUT. Une difficulté est liée à l’interprétation des variants rares dans le contexte de mutations principalement dominantes à expressivité variable. Ces résultats suggèrent l’existence, au moins dans certains cas, d’une hérédité complexe et/ou le rôle de facteurs environnementaux et épigénétiques, contribuant à la survenue et à l’hétérogénéité des CAKUT.