栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
- 出版年：2008
- 作者：程洁；张玲玲；黄晓婷；张灿；王师；胡景杰；包振民
- 单位1：中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室
- 出生年：1983
- 学历：博士生
- 语种：中文
- 作者关键词：；栉孔扇贝；Chlarnys farreri；fosmid文库构建；序列分析
- 起始页：78
- 总页数：11
- 经费资助：国家高技术研究发展规划项目(2006AA10A408，20060110A4013)；高等学校博士学科点专项科研基金(20060423015)；教育部留学回国人员科学启动基金资助
- 刊名：中国海洋大学学报
- 是否内版：否
- 刊频：双月刊
- 创刊时间：1959
- 主管单位：中华人民共和国教育部
- 主办单位：中国海洋大学
- 主编：管华诗
- 卷：38
- 期：1
- 期刊索取号：P226.066110-1
- 核心期刊：中国科学技术信息研究所核心期刊；中国科学院文献情报中心核心期刊；北京大学图书馆核心期刊
摘要
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库，该文库包含133 851个克隆，插入片断平均长度为40kb，覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定，没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建，并筛选了2个基因和7个微卫星，结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见，该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选，将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2016个克隆进行双末端测序，获得3646条序列。序列总长2286986bp，大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2500条串连重复序列，其中微卫星序列371条，小卫星序列1816条，卫星序列313条。共得到317条散布重复序列，总长97412bp，占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型：DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子，其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E